Es un conjuto de herramientas para la linea de comandos para correr Blast. Estas herramientas le permiten al usuario ejecutar sus propias busquedas con Blast desde su propio servidor sin necesidad de preocuparse por restricciones en el tamaño, cantidad y la base de datos, como Blast+ está pensado para ejecutarse desde la linea de comandos, se puede integrar a diversos flujos de trabajo de manera facil.