-- AdminUser - 22 Apr 2024

Correr Gaussian 16 en los nodos del CECC: Trabajo por lotes(sbatch) Video: gaussian16_Slurm_lotes.mp4

Este tutorial usa Gaussian 16 para optimizar la geometría de un compuesto orgánico(un cristal líquido nemático) utilizando el archivo de entrada propuesto en https://confluence.csuc.cat/display/HPCKB/How+to+run+a+Gaussian+optimization

1. Cree una nueva carpeta en su directorio de trabajo(Directorio de Envio).

• Cree un directorio nuevo por cada trabajo a enviar, este será su "Directorio de Envio", coloque allí todos los datos y scripts que requieren la ejecución de su proceso.
• Use solo rutas relativas a los archivos y directorios: Su directorio de trabajo NO estará disponible en todos los nodos del cluster : ver

2. En el directorio de envio, cree o copie el archivo de entrada del software Gaussian.

2.1. Contexto. Los datos de inicio son la geometría "aproximada" del compuesto orgánico obtenido de una base de datos de difraccion de rayos X (DRX), tambíen se puede generar la "geometria aproximada" desde un programa de estructuras moleculares: Con cuaquiera de los métodos obtenemos un archivo que detalla el tipo y la posición de los átomos en la molécula: acá se usará esta información almacenada en formato XYZ.

2.2. Creación del archivo de entrada a gaussian. Con un editor de texto(acá se usa nano y, el archivo se nombra nematic.com) genere el archivo de entrada a Gaussian. La figura No.1 muestra el contenido parcial del script nematic.com.

Figura No.1; Contenido parcial de un archivo de entrada a Gaussian16, formato XYZ

3. En el directorio de envio; cree el script de envio Slurm.

3.1. Creación del archivo de envío SLURM. Para ejecutar el trabajo en uno de los nodos, se requiere crear-copiar el script slurm que tambien incluye los comandos singularity y los que se requiere ejecutar con el software de gaussian16.

Con un editor de texto(acá se usa nano y el archivo se nombra run_gaussian16.sh) cree el archivo de entrada a Gaussian. La Figura No.2 describe las líneas de un script slurm basico; En las lineas 21 al 26 Se ejecuta el software dentro del container: específicamente se ejecuta el interprete ¨bash¨ del container con gaussian: /localapps/centos7.gaussian16.v1.sif

Figura No.2: Contenido del archivo de entrada Gaussian

4. Envio y ejecución del trabajo.

Desde el directorio de Trabajo y usando como parámetro del comando sbatch(slurm) use el script slurm y envie el trabajo con:

sbatch run_gaussian16.sh

Enseguida, slurm le asignara un numero de trabajo(Job_ID) que puede ver en la cola de procesos con el comando squeue

5. Finalizacion y ubicacion de los resultados.

Una vez termine su proceso, el sistema creará dentro del directorio de envio una carpeta con nombre del Job_ID asignado: dentro de ella encontrara los resultados y datos procesados.

Resultados