-- AdminUser - 22 Nov 2024

METODO 1: INICIAR UNA SESIÓN INTERACTIVA CON VENTANAS(X) y ejecutar JUPYTER con Python, R, Julia, Octave

Las tareas comunes incluye, Instalacion personalizada de paquetes y entornos, creación de gráficos interactivos, simulación de algoritmos y procesos. integración con bases de datos, el Prototipado de algoritmos antes de implementarlos en producción el uso de el Lenguaje estadístico R para análisis y visualización de datos.

Procedimiento

1. Debe ingresar a la federación de Cluster con ssh usando el parámetro "-XC" para poder ejecutar entornos graficos. Video

a. Desde cualquier parte de internet con un cliente ssh ejecute:

ssh -XC USUARIO@168.176.34.122

b. Luego debe ir al nodo de envío perseus; tambien usando "-XC" para ejecutar entornos graficos.

ssh -XC perseus

2. SIEMPRE debe encolarse para que slurm ubique y reserve los recursos que va a usar.

Por ejemplo:

Para una sesión interactiva en el cluster "fisica", en la particion "cpu.cecc"; donde quiere ejecutar un trabajo llamado "jupyter" con 16CPU, 40Gb de RAM ,   un tiempo límite de 1:30horas(--time=DD-:HH:MM:SS) use:

salloc -Mfisica -pcpu.cecc --job-name=jupyter --time=01:00:00 --ntasks=16 --mem=40G

:

ssh -XC nodo_asignado-al_proceso

Video: salloc-perseus-interactiva.mkv

3. Ejecute jupyter EN EL NODO DE EJECUCION ASIGNADO

a. cargue el modulo que contiene el software anaconda con:

module load envs/anaconda3

b. Active el ambiente jupyter, que se instaló en un directorio donde usted puede instalar los paquetes python que requiere con:

conda activate jupyterlab

Video:jupyter-interactiva-conda-env.mkv

c. ejecute jupyter en el nodo de procesamiento, con el navegador google-chrome y el puerto 32769 con:

jupyter lab --port=32769 --ip=`hostname`

Video: jupyter-interactiva-begin-end.mkv

4. Con jupyter corriendo desde el navegador puede instalar software así:

1. Desde un notebook usando conda ejecute:

import sys conda install --yes --prefix {sys.prefix} numpy

b. Desde un notebook con pip ejecute:

import sys !{sys.executable} -m pip install pandas

:

5. Detenga el servidor jupyter desde el navegador( Video: jupytershutdown-2024-11-22_14.11.09.mkv) o en la terminal use la combinación "ctrl +c" para que posteriormente le solicite la confirmacion de terminar.

6. Verifique que no deja corriendo ningún proceso en la cola de procesamiento de slurm. Video: jupyter-interactiva.finish.queu.mkv