Software disponible Biocomputo

En el HPC del CECC cuenta con una amplia variedad de Software instalado como Modulos, los cuales cada usuario puede debe cargar para uso de un software específico. Este tipo de implementación permite que el HPC ofrezca varias versiones del mismo software, como lo pueden ser diversas versiones de algún lenguaje de programación.

Para consultar las versiones disponibles de cada software y tutoriales, de click al enlace en el nombre de dicho software.

Lista de software disponible en el cluster de Biocomputo

A

• Anaconda
• autoconf
• automake

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B

• bowtie2
• bwa
• BBMap
• blast
• blast+
• BerkeleyDB
• boost
• blcr

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C

• cdhit
• clustal
• CPC
• curl
• cmake

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D

• diamond
• dot ?

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E

• exonerate

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F

• FastQC
• Fastqpuri
• flash2

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G

• GMAP
• gaussian
• geant4
• git
• glimmer
• gnuplot
• gcc
• GMP
• gsl

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H

• hisat2
• HMMER
• hwloc
• hypre

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I

• infernal
• iconv

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J

• Jellyfish
• javaSE

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L

• LAMPS
• locarna
• lapack
• llvm
• libblas
• libgff
• libtool

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M

• megahit
• mmseqs
• muscle
• metis
• MPFR
• mpich
• make

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N

• ncurses

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O

• Orthofinder
• oneTBB
• openSSl
• openmpi

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P

• phyml
• picard
• pmap
• prodigal
• proovread
• pcre

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Q

• qe
• quast

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R

• R
• RNA-QC-Chain
• RNAsnp
• RNAz
• R-scape
• ruby

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S

• STAR
• salmon
• SAM
• spades
• sratoolkit
• SSS-test
• stringtie
• sparsehash
• sundials

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T

• Transdecoder
• TrimGalore
• trimmomatic

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V

• valgrind

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Y

• yaggo

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Z

• zlib

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Lista de Datasets disponibles en el cluster de Biocomputo

• NCBI Datasets

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Software ejecutable desde el Sistema Operativo

• aliview